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官軍に恭順の姿勢を示した但馬の諸藩は、1869年(明治2)、版籍を朝廷に奉還、次いで1871年(明治4)には廃藩置県が断行され、但馬はすでに県になっていた久美浜くみはま生野いくのに続いて豊岡とよおか出石いずし村岡むらおかが県となった。しかし、同年11月には、但馬たじま丹後たんご丹波たんば氷上ひかみ多紀たき天田あまだ三郡)を管轄する新しい豊岡県とよおかけんが誕生する。
県庁は元の豊岡藩邸を取り崩して、元久美浜県庁舎が移された。豊岡は県庁所在地となり、裁判所・病院・警察署などが設置され、以後但馬の中心都市として発展する。この豊岡県は5年間続いた後、1876年(明治9)、兵庫県と京都府に分割合併され、現在の兵庫県が成立するに至った。
また、1889年(明治22)の市町村制、1896年(明治29)の郡制の施行により、城崎きのさき出石いずし美方みかた養父やぶ朝来あさごの5郡66町村に整理統合され、地方行政の近代化が進んだ。
一方、産業の近代化では、生野鉱山の開発が盛んに行われた。日本初の官営鉱山となり、フランスから技師を呼び寄せ、洋式技術を導入。外国人技師たちは産業機械や燃料となる石炭、資材などを運んだ近代的道路「生野鉱山寮馬車道(生野〜姫路・飾磨しかま)」など、生活面での近代化にも寄与している。
ほかの産業では、製糸業があげられる。元来、養蚕ようさんが盛んだった但馬では、生糸の海外需要が高まる中で急成長を遂げた。旧出石郡赤花あかばな村(豊岡市但東町)の橋本龍一が洋式の機械製糸を始めると、各地で製糸機械が導入され、隆盛を極める。
農家では養蚕が重要な収入源となり、母屋の2階・3階を蚕室として飼育量を増やした。養蚕が盛んだった養父市には、現在も3階建て養蚕農家住宅が残されている。
また、この頃は明治から戦後までの交通輸送の主役、鉄道の建設も行われた。全国で鉄道が敷設される中、但馬では1906年(明治39)、播但ばんたん線が全線開通。そして、1912年(明治45)、山陰線の京都〜出雲間が全線開通した。